Les conséquences de la bombe mutagène lancée par Old Hob continuent d'affecter New York de façon inquiétante. Alors que le gouvernement s'efforce de faire face à une crise humanitaire, des mutants commencent à disparaître. Les Tortues se mettent à la recherche d'indices qui les mènent jusqu'à la mer. Elles découvrent qu'une chose terrifiante sévit dans les profondeurs.